学校前身为1949年11月创建的东北机械农场技术训练班，后发展为黑龙江农业机械化学校2021年3月，黑龙江农业机械化学校升格为黑龙江农业工程职业学院2019年12月，被教育部财政部列入第三类高水平专业群建设单位B档2022。

1953年3月，北京农业机械化学院农学系部分教师调入东北农学院黑龙江省工农速成中学并入东北农学院，改建为东北农学院附设工农速成中学1958年7月，佳木斯农业经济学校佳木斯农业学校齐齐哈尔畜牧兽医学校北安农业学校分别。